Противоречия с Йельским университетом

В течение первых лет в Перу Бингхэм сумел наладить достаточно прочные отношения с главными перуанскими чиновниками. В результате, впоследствии он не имел неприятностей, получая необходимые разрешения, и документы, которые разрешали ему путешествовать по всей стране и заимствовать археологические экспонаты, найденные им. После возвращения в Йельский университет Бингхэм собрал приблизительно 5 000 археологических экспонатов, которые хранились в Йельском университете до тех пор, пока перуанское правительство не потребовало возращения этих артефактов на родину.

14 марта 2006 года, противоречия вспыхнули с новой силой частично благодаря Hartford Courant, которая сообщала, что жена прежнего перуанского Президента Алехандро Толедо (Alejandro Toledo) обвинила Йельский университет в получении прибыли от культурного наследия Перу, требуя возращения больше чем 250 частей музейных экспонатов, которые были вывезены из Мачу-Пикчу Гирамом Бингхэмом в 1912 году и  демонстрировались в Музее Йельского университета Peabody с тех пор. Некоторые из экспонатов, вывезенных Бингхэмом, были возвращены в Перу, но Йельский университет оставил оставшиеся экспонаты в своей коллекции, утверждая, что положение этой коллекции было поддержано федеральным прецедентным правом.

14 августа 2007 года, Hartford Courant сообщила, что Йельский университет согласился вернуть в Перу приблизительно 300 экспонатов из своей музейной коллекции. Этот прогресс в переговорах с университетом был достигнут благодаря тому, что новый президент Перу, Алан Гарсия назначил делегацию, которая должна была проводить переговоры с Йельским университетом и которая должна была уладить спор, не вовлекая стороны в судебные тяжбы, которыми угрожал его предшественник, Алехандро Толедо.

19 сентября 2007 года, Hartford Courant сообщила, что правительство Перу и Йельский университет достигли соглашения относительно возвращения экспонатов, вывезенных из Мачу-Пикчу в начале 20-ого столетия Гирамом Бингхэмом. Соглашение включает субсидирование объединенной выставки, которая должна проводиться по всему миру и строительство нового музея и исследовательского центра в Куско, по вопросам которого Йельский университет будет консультировать Перу. Йельский университет признает право Перу на все археологические объекты, вывезенные из Мачу-Пикчу, но Йельский университет разделяет права с Перу на коллекцию исследований, часть которой останется в Йельском университете как объект продолжающегося исследования.